citado en 1561 por Felipe II y después con cierta asiduidad, en él ya se incorporaría el sistema de contrafuertes introduciendo en las obras públicas por Juan Bautista de Toledo tras rescatarlo de la técnica de construcción romana. El sistema constructivo del dique se explica en 1562, separándolo del terreno y rellenando el hueco de terraplén; se pedía además quitar un fragmento de terreno pegado a los molinos de regolfo. En él trabajaba el ingeniero práctico y aparejador Juan de Castro, quien pensaba que la empalizada de madera sería insuficiente, proponiendo “esforzalle con alguna cantidad de piedra que se le heche en la jaula y en maderamiento avrasé de hazer luego para asegurálle”.
Al ser Juan Bautista responsable de la buena parte del plan hidráulico emprendido en el Real Sitio y, muy en concreto, en el entorno del Palacio, no pudo ser ajeno a la presa del mismo, que José Luis Sancho identifica con la empalizada citada, que sirvió “para contener el rio en la entrada de la calle de Alpajés”, si bien existen muchas dudas al respecto; pero sí debió de ser pieza fundamental en el plan de navegabilidad del Tajo entre el puente de la Reina y la Junta de los Ríos, que tenía lugar entonces más abajo de donde hoy se produce.
En 1567, año de la muerte de Juan Bautista de Toledo, una visita a los bines de la antigua Encomienda describe junto a Palacio “dos casa de aceñas y un molino de recién construcción”, de dos ruedas, y en 1571, un nuevo documento plantea el traslado, más arriba de Palacio, de “las aceñas y molinos que están delante de la Casa”, en concreto, “al cabo de la presa de los molinos que dicen de don Gonzalo a la parte de arriba”, y que los referidos Juan Carlos de Miguel y Cristina Segura aventuran como la presa que habría precedido a la del Embocador. Felipe II recomendaba al mismo tiempo la reconversión de los molinos al sistema “de regolfo”, que incrementaba su productividad, aunque los de la Isla ya habían sido descritos así con anterioridad. Se manifestaba además que debía “aderezar el reparo a la manera de presa que está hecho frontero de palacio, para la defensa del jardín, con sus calles y pasamanos”, lo que hace pensar que es una pieza diferente a la empalizada referida en 1572 el rey ordenaba construir un muro recto ante el jardín de enfrente del palacio, “con forma de talud, a la manera de una presa, para protegerlo del agua del canal”, continuando la ejecución de otro similar para el Jardín de la Isla”.
También se referencia en las visitas un canal que a finales del siglo XV se utilizaba como pesquería y que podría corresponder al que bordea el Jardín de la Isla por el lateral izquierdo o al que este sustituyó, A ese respecto, Benito de Morales proponía hacer un estanque y pesquería mediante “un cerramiento y una muralla en el río, al remate del nuevo jardincillo que se hizo sobre la presa, llegando hasta debajo del puente del Tajo”.