a la Encomienda se basaban en la molienda de granos recolectados e los pueblos cerealisticos de la comarca, como por otra parte es común de lugares con abundancia de aguas e ímpetu de las mismas (caso, por ejemplo, del arroyo de los Combos en Arroyomolinos). La Orden de Santiago disponía de una red de molinos y aceñas repartidos a lo largo de la ribera del Tajo y servidos por las correspondientes presas, entre ellos los del lugar que nos ocupa.
Si bien estos autores situaban en un principio en el El Embocador los molinos y aceñas, que en el siglo XV administraría el comendador y favorito de la reina Isabel, Gonzalo Chacón (también señor de Arroyomolinos y Casarrubios del Monte), más adelante estiman la pertenencia de las aceñas, al menos, al entorno de la presa del Palacio, sobre la base de ir asociadas por lo común en las fuentes documentales a la Casa de la Encomienda. Había tres aceñas asociadas a dos casas (la Trapera a la primera, y la Sabrosa y la de En medio a la segunda) y atendidas por dos presas, de las que la mayor ocuparía idéntico emplazamiento que la actual presa de Palacio.
Desde la incorporación de Aranjuez a la Corona, no cesarán de producirse en el sitio y en los elementos que lo integran una serie de intervenciones que modifican de forma paulatina el aspecto del conjunto residencial y de esparcimiento inmediato, muy ligadas ellas a la configuración del jardín de la Isla; las primeras modificaciones en el mismo harían que se le conociera como Jardín de la Reina, en tanto que Carlos I ya lo concibe como un jardín Italo-flamenco, incidiendo en su diseño a partir de 1544, fecha en la que se hace referencia a la presa “delante de los palacios”, con motivo de establecimiento de las determinaciones a seguir para su reparación y la del sistema hidráulico al que pertenecía, pues, en paralelo a las actuaciones encaminadas a “dar forma” a un lugar, era imprescindible proceder a continuas actuaciones de arreglo o reconstrucción de diques, exclusivas, canalizaciones, etc., por la periódica acción devastadora de las crecidas del río.
Felipe II, con la concurrencia de las iniciativas del arquitecto e ingeniero real. Juan Bautista de Toledo, le otorga al jardín su estructura formal definitiva desde 1560, propiciando en 1561 la terraza que se despliega a lo largo del río protegida por un muro de contención de escasa altura sobre el cauce, y a modo de dique, según lo describe José Luis Sancho (véase la ficha del Jardín de la Isla), constituyéndose en uno de los bordes de la presa, que, dos años después, habría sido “ aderezada” y reparada (o más bien rehecha) como las demás que se inscribían en el Heredamiento de Aranjuez. La cuestión era que en 1561, como nos da cuenta Nicolás García Tapia, el rio Tajo se había roto “entre la presa grande y la pequeña de aguas arriba”, lo que provocó la desecación del embalse de la primera y del caz, siendo necesario “hacer otra presa grande y acotaderos della”. Caso de identificarse con “el dique grande”,