También durante este reinado, la Plaza de San Antonio recuperaría su arbolado, con líneas de frondosas acacias de bola, que en 1890 serían sustituidas por plátanos orientales, además de un gran roble que colocó el Ayuntamiento constitucional, tras la Revolución de 1868, al cual se le conoció como “de la Libertad”, por ser ésta la denominación que recibió también dicho espacio público.
Una de las mayores agresiones que ha recibido la Plaza de San Antonio a lo largo de su historia fue tras la Guerra Civil, al decidirse que en el trazado de la Carretera de Andalucía la atravesara rodeándola, aprovechando el desdoblamiento del tráfico. Éste, “cada vez más intenso y hostil”, acabó produciendo, de acuerdo con Echeverría, no sólo un “brutal deterioro y fractura de la ciudad”, sino también el haber “borrado de la memoria de los ribereños la experiencia cotidiana de una plaza excepcional”.
Resultado de la ruda ejecución de la Carretera fue, además, el semihundimiento de las arquerías perimetrales para regularizar las rasantes, la definición de bordes mediante el asfaltado y, en general, el abandono de la zona central.
Afortunadamente, en 1989 se abrió la variante de la Carretera de Andalucía a su paso por Aranjuez, lo que permitió de inmediato la recuperación de la Plaza de San Antonio, gracias a una operación conjunta en la que participaron el Ministerio de Obras Públicas, la Comunidad de Madrid y el Ayuntamiento de Aranjuez y al convenio que habían firmado estos dos últimos organismos el 27 de enero para el desarrollo del Plan de Revitalización de Aranjuez.
Dentro de este y en su fase III, la Dirección General de Arquitectura encomendó el proyecto de recuperación de la Plaza de San Antonio al arquitecto Santiago Camacho Valencia en 1990, el cual fue ejecutado entre 1991 y 1993 y contemplaba solamente el tratamiento de la superficie y de las arquerías. Se ejecutó así el desenterramiento de las bases de los pórticos recuperando sus proporciones primitivas, y se construyeron grandes maceteros para el arbolado, a fin de poder dejar al mismo nivel la Plaza, aun cuando esta actuación no se correspondiese con el proyecto original de Bonavía, según expuso Patrimonio Nacional, pues el Arquitecto había previsto el alomado en el centro. Frente a la Capilla se realizaría un podio, en forma troncocónica, con el fin de enfatizarla dentro del espacio urbano, y se eliminaría la línea meridional de arbolado, que había sido plantado con posterioridad y ocultaba su fachada, desvirtuando la perspectiva ideada por el Arquitecto. El tráfico sería separado por mojones, manteniéndolo por las calzadas laterales, si bien éstas pavimentadas con materiales nobles, y en la Plaza, frente al Jardín del Parterre, se colocaría un banco corrido de piedra caliza, en pro de la reutilización de la zona central como estancial. Finalmente, ésta se cubrió de arena y se restauró la Fuente de Hera central.