En 1561, pedro del Hoyo y Rugel Patie ordenaban la ejecución de las paredes del caz a su paso por esta zona de Alpajés, sustituyendo la tierra por cal y piedra. Seis meses después, para la realización de un desvió al final de la calle de Toledo, se siguieron las trazas de Juan Bautista de Toledo, al menos en lo referido al caño que había de conducir el agua por el nuevo trazado.
Desde su nacimiento, el canal de las Aves salva un desnivel de 9.987 metros hasta el arroyo del Molinillo, que devuelve al río Tajo las aguas excedentes en la provincia y el término municipal de Toledo, a la altura del lugar de Valdecaba Baja, aunque entra en ese municipio en el pk 31.500. Riega por tanto la vega izquierda del río, describiendo Madoz su utilidad en el primer tramo a mediados del siglo XIX: “con sus aguas se riegan los bosques de Sotomayor, sus praderas, calles y matorrales; la calle de la Reina y demás contiguas; los jardines del Príncipe y Primavera; el de la Isla; el de la Reina y huertas inmediatas, y el de Isabel II… regando después la labor del campo Flamenco, praderas de la vega de Otos, y todas las tierras, huertas y espesuras desde la falta de los cerros del telégrafo hasta la casa del Castillejo, y remata en el mismo río”. Con su prolongación, se beneficiarían las fincas, ya privadas tras la desamortización, de Matalonguilla, Villamejor y Algodor, entre otras.
La acequia de traza ceñida a las sinuosas ondulaciones del terreno, localizándose pasos inferiores en las encrucijadas con los barrancos y vaguadas naturales, de manera que las aguas de los arroyos fluyen a modo de puente por el nivel superior cual pequeños viaductos sobre el normal cauce del caz. Peculiaridad fundamental es la travesía del canal por el casco histórico de la ciudad, a algo más de cinco kilómetros del origen, en túnel bajo bóveda de 5.25 m2 de sección construida con una cimbra de doble rosca de rasilla y revestimiento de hormigón en masa, en un transcurso urbano críptico provisto de registros a lo largo de 829.70m, signando así con su presencia encubierta un indeleble rasgo de identidad de Aranjuez, muy especialmente bajo la calle del Capitán, donde se instala el referido desaguador de la Sierra; no está ello exento de inconvenientes, pues su recorrido subterráneo bajo las calles de San Antonio, Stuart, Gobernador o carretera de Andalucía, afecta a la cimentación de algunos de los edificios que le quedan próximos. La decisión de su enterramiento, ya que hasta principios del siglo XIX cruzaba la ciudad en abierto, se adoptó ante los numerosos problemas sanitarios que este hecho causaba.
Sin embargo, todavía en los años treinta del siglo XX, el canal estaba convertido desde su salida de Aranjuez (que tenía lugar a unos ocho kilómetros de su origen, pues salía “detrás del parador llamado de la Costurera, en la antigua plazoleta de Herradores, junto al puente de las Herrerías), en una conducción “de aguas negras y residuales, procedentes de los desagües de la población”. Una vez pasada ésta, y bien visible el canal, discurre en paralelo al ferrocarril de Alicante primero (entre éste y la carretera de las infantes o entre éste y el río) y al ramal Castillejo-Toledo después (entre éste y la carretera de Toledo N-400).
El camino de servicio sigue en su primera parte al canal por la margen izquierda, interrumpiéndose tan sólo por las intersecciones con la red viaria y cruzando a la margen derecha en el tramo de la carretera Aranjuez-Toledo. Para los cruces, tanto de carreteras (ya se a la de Yepes a Añover de Tajo o la aludida N-400) como de vías férreas, se dispusieron sifones y acueductos, que en el caso de los segundos suman hasta 47 en todo el trazado (como el del pk 24 sobre el ferrocarril), y a los que hay que sumar 39 puentes, 11 desaguadores y 30 acequias. Y es que el desarrollo del canal es soporte de una serie de construcciones e instalaciones industriales de apoyo que singularizan diversas partes del itinerario. Además de las ya aludidas, entre las que se destacan sin duda las que constituyen el conjunto de apéndices arquitectónicos o de obra civil que articulan la toma de las aguas de la presa del Embocador, son asimismo muy numerosas las obras llamadas “de distribución”, constituidas por un amplio abanico de artificios: captaciones diversas, enganches a las fincas, compuertas o boquillas, etc.