La localización del Jardín de Isabel II no estaba planteada en la ordenación de la nueva población de Aranjuez: la plaza abierta al Tajo –actual de San Antonio- y con forma de “U” presentaba una fachada continua en sus tres lados, con las casas del Gobernador y Ministros en la parte oriental, que fueron sustituidos por la Casa de Infantes, en la manzana sur, y dicho Jardín de Isabel II. Entonces, este terreno aparece en los planos originales de Bonavía como un espacio edificable más unido a la actual manzana meridional, organizado por un gran patio; de la misma manera, en el plano de Marquet que representa la decisión de las manzanas en solares edificables este terreno aparece como construible y partido en tres propiedades, aunque posteriormente este mismo autor delinea las actuales manzanas separadas por la calle Real, dibujadas en el plano de Domingo de Aguirre.
La primera plantación de árboles en este solar, convertido en un vertedero, fue hecha a cargo del Administrador del Real Sitio. Miguel del Pino, en 1830, para mejorar las vistas desde el Palacio en la primera Jornada de la nueva reina, Maria Cristina de Borbón, esposa de Fernando VII. La escultura de Isabel II, según algunos autores el origen del jardín, se realiza para conmemorar los acontecimientos políticos de 1834 –firma de la Cuádruple Alianza entre Francia, Inglaterra, Portugal y España- por el escultor Desboeufs, y fundida por L. Raurio. La verja actual, que sustituía a una de madera, se erigió a partir de una orden de 1844. Este cerramiento se atribuye a Narciso Pascual y Colomer. Arquitecto Mayor de Palacio en este momento, y los magníficos bancos, anteriores a Sabatini; asimismo, los jarrones de mármol de Carrara son obra del siglo XVIII y fueron trasladados desde el entorno de la Casita del Labrador en el Jardín del Príncipe.
El Jardín de Isabel II constituiría el primer espacio urbano ajardinado de Aranjuez generado para su uso publico, y seguramente uno de los primeros de España. Poco después, en 1869, pudo pasar a manos privadas al declararse bien desamortizable tras la salida del Isabel II, pero se suspendió la subasta de venta. Durante la 1ª Republica cambio su denominación a Jardín de Serrano y la escultura de Isabel II fue ocultada y repuesta ya con Alfonso XIII, en 1875. El dibujo que hoy conocemos se mantuvo, con algunos cambios, al menos hasta 1929, pues tras la Guerra Civil encontramos un diseño simplificado sin valor, donde se conservan básicamente las proporciones y se sustituyen los cuadros por césped y las platabandas por terriza, así como se introducen diversas construcciones hoy desaparecidas. Ha sido restaurado entre 1999 y 2000 por el Servicio de Jardines y Montes de Patrimonio Nacional bajo proyecto de la paisajista Maria Medina, que ha recuperado el dibujo original del jardín –a partir de dicho plano de la Junta General de Estadística- que había sufrido modificaciones o se había perdido en parte, especialmente en la rotonda central de la escultura. En este espacio se volvieron a restituir los elementos ornamentales (bancos, jarrones y cerramientos de la estatua), y los árboles que flanqueaban la glorieta. Su disposición concéntrica ha sido recuperada con el siguiente orden desde el centro, que es la imagen de Isabel II: el cuadro de la estatua, el respaldo de los bancos con setos, el limite de los cuadros de las calles centrales y el perímetro interior de los cuadros principales. Además de eliminar elementos extraños al diseño general, como los bordillos, se restauran las casetas y el cerramiento exterior, se absorben los desniveles mediante las glorietas interiores de cada cuadro principal tras mantener la cota central, se recupera el arbolado y plantación perdida o deteriorada, se amplían las plazas interiores de cada cuadro, se abren dos entradas en el eje norte-sur y se cierra el de la plaza de San Antonio.