El Jardín de la Reina, algo menor que el del Rey y mucho más moderno, tiene una forma trapezoidal debido a la ribera de la Ría, no paralela respecto al palacio. Su diseño es análogo pero con los elementos de tamaño sensiblemente menor se mantiene la malla ortogonal, la plaza cuadrada y la fuente central, de piedra de Colmenar, planta mixtilínea similar y pequeño grupo escultórico, formado por amorcillos y delfines denominada del Barbo. El dibujo de los cuadros, más convencional que el del simétrico Jardín del rey, se acompaña de rosales y remates en bola en las esquinas.
El segundo puente hacia el Jardín de la Isla, el denominado del Canal, es sin duda el elemento más interesante del Jardín de la Reina y tiene un único arco y dos alzados diferentes y asimétricos debido al ángulo no ortogonal que forma con la Ría y a la diferencia de cota entre ambas orillas, al estar más elevado el Jardín de la Reina frente a la Isla, se coloca un tramo escalonado al llegar a esta. Dicha pieza del siglo XVIII, realizada en piedra, se ornamenta con tres partes de escultura sobre pedestales y barandillas de hierro: las dos primeras desde el jardín de la Reina son Diana Cazadora y Mercurio, seguramente obras italianas de la segunda mitad del siglo XVI, mientras que de las posteriores se desconoce la identidad, aparte de un Baco, de la misma fecha. El primer puente, cuyo origen real es el Parterre, es posterior y presenta una ligera rampa sobre compuertas cuya función es regular el agua de la Ría.
El cerramiento hacia dicho canal se organiza mediante un fuerte murallón con una barandilla de hierro y pedestales de piedra de Colmenar decorado con jarrones provenientes de La Granja, composición que se prolonga en el muro de contención del Jardín del Parterre vecino, sin solución de continuidad.
Los Jardines del Rey y de la Reina, unidos en su parte oriental por otra pieza ajardinada rectangular, parece que estaban incluidos en la concepción original del conjunto palaciego de Aranjuez ideado por Juan Bautista de Toledo, de tal forma que, tras la fachada principal, de mayor ancho que el cuerpo central, se introducían dos jardines secretos al modo italiano que organizaban un rectángulo regular con el espacio construido de la residencia real. El trazado se realizaría en 1561, pero la ejecución del Jardín del Rey, de mano de Juan de Herrera, se comenzó en 1577 tras la terminación del cuarto del monarca, mitad meridional del palacio, único llevado a cabo durante el reinado de Felipe II. Su espacio aparecía cerrado tanto al sur, al exterior, como al este, donde se encontraba el estrecho jardín correspondiente al palacio construido. En principio el trazado en cruz se jerarquizaba con tres anchos de camino los que formaban el cruce, los perimetrales y los transversales interiores, de menor anchura. Se desconoce el dibujo de los cuadros de plantación, de planta cuadrada –con la excepción de los centrales en forma de L por efecto de la plaza-, y la representación más temprana, la del cuadro anónimo de Patrimonio Nacional, deben ser ideales, pues aparecen más cuadros de los existentes. Se realizaron, además, dichos muros de cerramiento, en los cuales se abrían unas hornacinas para bancos alternadas con nichos menores, diferentes a los actuales, y se remataban con un antepecho de piedra; el suelo se solaba de ladrillo –como en el resto de los jardines filipinos del momento- y se construían bajo la terraza oriental unos pequeños espacios a modo de grutas –los retretes-, de concepción manierista pero de sencilla decoración, posteriormente cerrados, y cuya función era la de disfrutar del jardín en un ambiente más fresco, en ellos se alternaban dos tipos de plantas: una simple cuadrada y otra en nichos. Tres años más tarde, en 1580, se terminaba la fuente de jaspe verde que hoy preside, obra del italiano Roque Solario –sin piña, añadida a finales del siglo pasado-, y se colocaba en 1582, fecha en la que, además, se construye un ándito, tan usado en la jardinería de Felipe II, sobre la galería que unía el palacio con la Casa de Oficios, terraza que ocultaba el jardín del exterior y permitía la mejor visión de sus cuadros y los espectáculos celebrados en la plaza de las Parejas. Además de los retretes y este paseo superior también se podía disfrutar el jardín desde la magnífica galería meridional abierta, cerrada dos siglos más tarde, y desde palacio.
El rey Felipe IV cambió sustancialmente la imagen del jardín en 1623 al eliminar el solado cerámico por otro empedrado de guijos cercado por losas de piedra de Colmenar –hoy en gran parte recuperado- y cerrar los tres retretes centrales para colocar hornacinas con la estatua en mármol de Felipe II, obra de Pompeo Leoni de 1568, restaurada hace pocos años y en la