La autoridad sanitaria, de acuerdo con el gobernador de Aranjuez, aislaban el Sitio para impedir que fuese invadido por alguna de la epidemias que con frecuencia azotaban al país. No tenían inconveniente en incomunicar grandes regiones, particularmente las del sur, con ocasión de la que en 1801 y 1803 afectaron a aquellas latitudes. Puestos de acuerdo con el gobernador de Ocaña, Bussi, se detenía a la entrada de aquella población a todos los viajeros y mercancías que fueran llegando. Recluidos en una casona de las afueras, se les sometía a una cuarentena sanitaria, no dejándoles marchar hasta que los médicos se cercioraban de la buena salid del viajero. También se Aislaban poblaciones cercanas que estuviesen invadidas por algún mal, estableciendo un cordón sanitario alrededor de ellas. Tal ocurría en el verano de 1799 con el pueblo de Villaconejos, atacado por una epidemia de tabardillo pintado, el tifus exantemático. En el momento de mayor expansión del mal en el mes de agosto, éste afectaba a más de 80 vecinos. En noviembre ya solamente quedaban 12 convalecientes.
Las autoridades de Aranjuez, temerosas de que la enfermedad se propagase al Sitio, ayudaron todo lo posible para erradicarla, abonando de los fondos reales las medicinas y alimentos necesarios. El cura párroco de Villaconejos, don Antonio Sanz Baquero, se encargaba de administrar y repartir los comestibles, que llegaron a costar al Sitio unos veinte mil reales. Diariamente se repartía a cada enfermo “media libra de Carnero, 4 onzas de garbanzo, dos de tocino, chocolate y refresco”. Este sustento había que retirarlo de los “sitios Públicos” mediante vales, para evitar “fraudes y malas versaciones”. Como estas medidas eran aprobadas por el rey, parecía haber más preocupación por la alimentación de los enfermos que por la diaria de los sanos, que no lograban tener una dieta parecida. A veces asalta la duda de si esta preocupación principal en atajar el mal con toda rapidez se debía a que éste pudiese llegara Palacio.
Los dos médicos que tiene el Sitio como dotación son insuficientes para atender a todos los criados, tanto los residentes en la población, como los de la posesiones exteriores a ella. Menos aún cuando amplían su atención a todos los residentes pobres y al Hospital. Será frecuente encargar de la atención sanitaria de los guardabosques y yegüeros a los médicos de los pueblos más cercanos, como son Ontígola, Añover de Tajo. Tanbien los boticarios de estas poblaciones se hacen cargo de las recetas de estos médicos, debiéndolas cobrar posteriormente en Aranjuez, muchas veces con dificultades. Estos médicos llegarán incluso a ejercer en el Sitio para suplir la ausencia de los titulares, como en 1803, cuando un doctor se encontraba enfermo y el otro ausente.
Ante estos problemas, los galenos de Aranjuez presionaban al gobernador para que se ampliase su número con un tercero. Nunca lo conseguirían por lo oneroso que se pensaba sería para las arcas del Sitio. Cuando en 1798 se apoyó la petición razonando que este tercer sueldo fuese pagado por los residentes, el gobernador Rojas se mostró tajante en su negativa: no podía ser.
“a costa del Vecindario como solicitan, por componerse éste de gente
miserable la mayor parte, a quienes nada se les puede exigir.
En el Sitio no hay cementerio. No se encuentra razones que justifiquen plenamente este hecho. Los enterramientos se efectúan en el vecino pueblo de Ontígola. López y Malta vierte su opinión:
“..no siendo suficiente motivo el ser Aranjuez feligresía de Ontígola. Tal vez
fuese para evitar contagio a los cortesanos..”