El conjunto lineal de la nueva estación se curva hoy, como ayer, en el encuentro bajo el puente de la carretera de Toledo y completa la red viaria con una línea desviada en su tramo izquierdo que, a su vez, se desdobla en ele tramo izquierdo que, a su vez, se desdobla en e tramo de acceso a las instalaciones y muelles de mercancías del que deriva, en pronunciado y abierto giro a la izquierda, el ramal que antaño accediera al apeadero de acceso a Palacio en la parte posterior del mismo, en el entorno de la plaza. Entre las instalaciones de mercancías y la fachada principal o urbana de la actual estación de viajeros, se halla instalada hoy día una gran franja triangular de aparcamientos y recepción. Al otro lado de la carretera, el grado de abandono es más acusado y la sensación de caos más intensa, dado que las vías y edificaciones en servicio se mezclan con las obsoletas en grandes espacios de nadie y entre las inmensas moles de Penicilina, Lever Ibérica, Azucarera o Pirelli.
Junto al nuevo edificio de viajeros de la estación de Aranjuez, que sustituyo al viejo embarcadero de fin de trayecto, se extienden, como se ha referido, tres amplios andenes protegidos por sendas marquesinas y unidos por un paso inferior de 32 metros de longitud con dos embocaduras por andén. Recientemente, entre 1989 y 1990, durante ciertas tareas de acondicionamiento efectuadas en las conexiones subterráneas entre andenes, se descubrieron seis antiguos mosaicos datados, según los análisis efectuados por la escuela de Cerámica de Madrid, en los orígenes de la ornamentación de la estación, y obra del artista Maragliano, autor asimismo de los mosaicos del gran vestíbulo, fueron en consecuencia restaurados y reintegrados , incorporándose a los paramentos del paso inferior, convenientemente iluminados, protegidos y expuestos a modo de museo itinerante. El proyecto, que ha merecido el premio de la Comunidad de Madrid de 1998 otorgado a la Calidad a los Oficios, ha sido llevado a efecto en 1995 por la Jefatura de Arquitectura y Diseño de la Unidad de Cercanías de RENFE, al frente de la cual se encuentra el arquitecto Miguel Ángel Guerrero Velasco. Han participado también el arquitecto Francisco García de Castro, el arquitecto técnico Germán Álvarez de Pedro y el arquitecto Wenceslao García Camarena, responsable de las reproducciones pictóricas en las zonas desprendidas del mosaico.
La línea Madrid-Aranjuez es surcada hoy por un testimonial tren turístico a vapor que lleva al Real Sitio en 55 minutos, entre decorados y atavíos de época y ofrendas de fresa a los viajeros transito histórico de viejas épocas como irónica réplica al paso acelerado y cercano de los actuales trenes de alta velocidad.