Lógicamente, este cierre se prolongo durante toda la Guerra de la Independencia, perdiéndose en 1809 las costosas decoraciones que habían sido almacenadas en una galería de la plaza de Toros, y que perecieron en el incendio intencionado de ésta. Sin embargo, al poco de terminar la guerra el teatro se reabre, y ya en 1816 Juan González Mantilla ofrece algunas funciones de sus “juegos de fantasmagoría”; mientras que en mayo de 1817 actúa la compañía de Joaquín Alcaraz, que volverá varias veces más, y cuyo titular se asentará definitivamente en Aranjuez tras su retiro.
Así, entre suspensiones provocadas por la ausencia de Jornadas ante los avatares políticos, prosiguió su languideciente carrera este Coliseo nuevo, a pesar de que en 1828 el propio rey Fernando VII ordenó pintar la sala y renovar las escenografías, que deben corresponderse con los once decorados recogidos en un inventario de 1837 –citado por Ortiz Córdoba- que reduce el mobiliario a cuatro sillas por cada palco, “excepto dos, que tienen dos bancos, y el S. M. y A., que no tiene nada”. Pero a pesar de esta precariedad, a finales del año siguiente se organizaron varias funciones teatrales con el fin de “ofrecer a los vecinos alguna distracción” y recaudar fondos para el vestuario de la Milicia Nacional; mientras que dos años más tarde, en 1840, fue cedido gratuitamente por la administración –“sin que sirva de ejemplar”- para las funciones que celebraron el final de la Primera Guerra Carlista.
López y Malta nos informa de que en 1847 se mejoró la sala, restaurando “su pintura y dorados, aumentándolos con grecas que se colocaron en todos los antepechos y grandes rosetones en la embocadura”; añadiéndose además “a sus muy deterioradas decoraciones las considerables e importantes del teatro del Pardo”, aunque “por ser muy pequeñas” se devolvieron en parte a “aquel Real Sitio, mientras que “en 1852 se estrenó una bonita decoración (…) costeada por el empresario que a la sazón” tenia arrendado el edificio, pero que al terminar su contrato “se llevo furtivamente el telón del foro contra las condiciones” prescritas. Sin embargo, “su más importante mejora” fue efectuada en 1860, cuando se elimino el palco central del piso bajo para establecer una comunicación directa del patio de butacas con el vestíbulo, se pusieron “butacas donde estaban las lunetas primeras” y se tapizaron “las segundas, haciendo desaparecer una de las dos filas de asientos que tenia el anfiteatro con el ridículo nombre de cubillos, colocando un bonito balaustre de madera como antepecho y dando más cómoda entrada a las localidades”, -que según el Anuario de 1868 sumaban 628 plazas-. Simultáneamente se mejoró el alumbrado, se decoró el techo con un lienzo sobre bastidor “de figura octógona”, pintado “por el acreditado pintor escenógrafo del teatro de la Zarzuela de Madrid Don Felipe Reyes (…), resaltando en cada una de sus partes una alegoría de la música y el baile, orlado con los bustos de algunos autores dramáticos”, y “se retocó el telón de la embocadura, que fue sustituido al poco tiempo por el que pinto en Madrid el acreditado artista, procedente del mismo teatro de la Zarzuela”, D, Luis Muriel –que todavía treinta años después en 1892, decoraría el telón y la sala del teatro Lope de Vega de la vecina localidad de Chinchón-, que figuraba” un dosel con