Las yeguas están clasificadas en cuatro lotes: tres de a treinta yeguas españolas que se cubren con sementales pura raza española, siguiéndose el sistema de selección. A los cuatro años se doman las potras y se envían las mejores a Madrid, para prestar servicio, y cuando éste se da por terminado, las que conservan energía, robustez y sanidad, vuelven a Aranjuez para la cría.
El segundo lote está formado por treinta yeguas cruzadas de inglés y de árabe. Haciendo una minuciosa clasificación según el desarrollo, alzada y conformación de cada una, y procurando siempre la mayor semejanza en los acoplamientos, se cubre con los caballos pura sangres inglesa Fox (hijo de Ducat y Princesa) y Padlok (por Preci y Bulgarie). La renovación de yeguas de vientre de este lote se hace, como para el primero, por selección, llevada a cabo en la misma forma, pero atendiendo, además, a adelantar el cruce, por lo cual se prefieren las yeguas de cruce más adelantado entre las mejor conformadas, de mayor desarrollo, más sanas y de mejor trabajo.
Treinta yeguas de cruce Norfolk, Anglonormando y Orloff, componen el tercer lote. Estas yeguas, teniendo en cuenta su desarrollo, alzada y conformación, se cubren, según sus condiciones, con los caballos de raza Norfolk, de trote, Atila y Sans-coeur. La sustitución de yeguas de este lote se hace como en el segundo, procurando siempre adelantar el cruzamiento.
Menos numeroso, pero de mayor importancia, es el cuarto lote; está compuesto por diez yeguas de pura sangre inglesa y se cubren por Lisbon, magnifico ejemplar de pura sangre inglesa, y a las de menor alzada por Padlock. La elección de yeguas de vientre para sustituir a las de este lote, se hace como en los lotes anteriores respecto a las hijas de sementales menos notables, y sin someterlas a más pruebas que las de doma en las de mejor origen.
Las yeguas de menos distinción de los lotes primero, segundo y tercero, cuando después del segundo rodeo en la cubrición no quedan llenas, se echan a los garañones, logrando obtener de esta manera mulas de mérito verdaderamente notable para el tiro de los coches de campo y viaje.
Aparte de la producción de la real yeguada, todos los años se cubren con Favorito (hijo de Ducat y Favorita), y con Saigon y Golden, yeguas de labradores de Aranjuez y de los pueblos de la comarca.
El objetivo del sistema seguido para la producción del ganado es el de continuar la ganadería de Aranjuez con el patrón de yeguas nacionales de la misma, a las que sustituyen resistencia a la fatiga y sobriedad superiores a las de todo otro origen.