La posterior regencia de María Cristina mantuvo todavía el uso ganadero de Sotomayor, pero ya bajo Alfonso XII la finca se transformará paulatinamente en agrícola, introduciéndose una serie de cultivos de regadío a cuyo sostenimiento coadyuvará la central eléctrica levantada poco antes junto a la presa del Embocador. Finalmente, las tierras fueron arrendadas hasta 1951, año en el que Patrimonio Nacional se hace cargo de su explotación directa, compatibilizando usos agrícolas, en los que comienza a introducirse los cultivos de secano, y ganadero (yeguada, ovejas manchegas y vacas frisonas). Tras una serie de obras de adaptación en los edificios para los nuevos usos, que se remontan a 1947 y cuyo autor es el arquitecto Diego Méndez, en los años sesenta del pasado siglo todavía se alojaban en sus instalaciones 20 “yeguas de vientre” de excepcional calidad.
Para Aída Anguiano de Miguel, “planta volumen y distribución espacial, responde al mismo tipo que el Palacio de Caserta y la Casa del Campo Flamenco, tipo ideado por Vanvitelli en los Sitios Reales de Nápoles e introducido en España por su discípulo Sabatini”, a quien la autora consideraba posible proyectista del edificio.
El conjunto se organiza en el terreno en forma de a mayúscula y ancha de cuatro brazos, paralelos y perpendiculares entre sí dos a dos, conformando un gran patio principal cerrado, rectangular y alargado, y otro patio secundario semiabierto, ya que en su extremo libre se levantó un pabellón independiente destinado a cuadras, longitudinal y de menor fondo que el resto, con dependencias complementarias (jaulas adosadas y descubiertas) para las mulas. El primer patio estaba provisto de sendos pozos en disposición simétrica, en tanto que en el segundo se albergó al sur la puerta de las caballerizas, siendo ambas decisiones emanadas de Carlos III.
Los cuartos reales o pabellones de los monarcas, incluida “una magnifica sala rústica para descanso de S. M.”, y las trece habitaciones de los yegüeros (guardas y empleados) se instalaron respectivamente en los dos lados mayores transversales, mientras que las cuadras de la yeguada, con boxes muy amplios, ocupaban los dos laterales, correspondiendo una de ellas, la situada al este y transformada a finales del siglo XX, a los caballos padres, la otra, llamada “de napolitanos”, enlazaba con la del destete, compuesta a su vez de dos departamentos. La organización de cada ala es muy simple, pues se hallaban constituidas por dos secuencias de cuartos o cuadras desarrollados a ambos lados de un amplio pasillo central.
Todas las cuadras entarimadas en álamo negro por nueva orden del rey, que llegó a establecer el procedimiento de corte de la madera (en 1847 el suelo era de arenal), están provistas de pesebres en piedra de Colmenar y forma con las bóvedas “de rosca de ladrillo” un todo sin solución de continuidad. Llegaron a disponer de tribuna para la mejor visibilidad de los reyes, tal como nos da cuenta Pascual Madoz. En cuanto al pabellón trasero, contenía por su parte ocho corralizas o jaulas con dieciséis piezas de cuatro plazas cada una. Finalmente, el corral de la yeguada donde pernoctaba el ganado, de 2245 m2 de superficie, constaba de cuatro líneas de porches con pesebres corridos y apoyados en fuertes muros sustentantes de una sencilla armadura de tabla y teja.