El caserío fue proyectado por el francés Jaime Marquet, arquitecto y director de obras del Real Sitio, quien había llegado a Aranjuez como ayudante de Bonavía. Pero al morir Marquet en 1769, el ayudante y aparejador Manuel Serrano ocupo su lugar, distribuyendo la almazara y el lugar en tres naves tal y como habia hecho en la gran caballeriza de la Casa de la Yeguada en Villamejor. El perímetro general del área edificada fue acabado en 1773. En el plano topográfico de Domingo de Aguirre realizado entre 1772 y 1773 figura la silueta general.
El caserío del Cortijo sufrió muchas reformas con el paso del tiempo, según iban viniendo familias empleadas para trabajar en los campos y cuidar del ganado, albañiles para construir las tapias y rejas de la finca, peones, gañanes, boyeros, vaqueros, etcétera. Eventualmente las cuadras y cobertizos les quedaron pequeños, y el aparejador Manuel Serrano tuvo que diseñar apriscos y accesos dentro del perímetro. También supo aprovechar la inclinación que tenía el casco antiguo, y concibió la bodega subterránea y el lagar. Gracias a ese desnivel, el poblado se salvaba y el lagar. Gracias a ese desnivel, el poblado se salvaba de ser inundado por las crecidas del Río Tajo.
En el Archivo General del Patrimonio, puede leerse que “por orden el 7 de junio de 1782 se invirtió por obras 581.289,13 reales”, evidenciando que la monarquía no reparó en gastos para planificar y edificar el Real Cortijo. En dicho archivo también queda reflejado que “en agosto de 1771 se gastaban 11.603 reales en obras en el Cortijo”. Unos años más tarde, entre 1774 y 1775, se construyeron el alcantarillado y unas bocas de riego. Constituía una explotación magnifica, aunque ruinosa para los fondos de la Corona.
El Rey Carlos III llamó a nuevos colonos para que cultivasen aquella vega y les eximió el pago de la renta por diez años. Cristóbal Canosa, Juan de Boygas y Manuel Serrano tomaron 402 fanegas de tierra de baldío en la villa de Colmenar de Oreja (que se hizo llamar Canosa), pero los ingresos que obtuvieron no superaron los gastos de inversión y 31 de marzo de 1777 lo unieron al Cortijo del Rey.
El 22 de febrero de 1795, el monarca cedió la propiedad del Real cortijo a Manuel Godoy, Primer Secretario de Estado y “Príncipe de la Paz”, casado con la condesa de Chinchón doña María Teresa de Borbón (prima del Rey), a cambio de la huerta de la Moncloa. La transacción se formalizo por medio de una Escritura del Gobernador de Aranjuez, Josef de Roxas, hecha en nombre de Su Majestad y un apoderado de Godoy, ante los escribanos Juan Martín y Andrés de Arteaga, Inmediatamente instaló una fabrica de licores y un yeguada, que propiciaron la llegada de nuevos labradores, yegüeros, boyeros, y otras gentes. En 1795, para reservar la zona, dicto unas ordenanzas de durísimas penas para los infractores en materia de caza, pesca y recogida de leña.
[b] Los autores de la época le dedicaron unas cuantas líneas. Detallaba Bourgoing, entre los años 1777 y 1785: “Sobre todo, no hay que dejar sin ver el Cortijo, otro callado, cuyo suelo, cultivado con esmero, colma con creces los deseos del agricultor y los del rey”, que ha hecho plantar en él cepas de varios lugares de su reino”. Sobre sus rutas, escribía Townsend entre 1786 y 1787:
“Fui otra mañana a pasearme para ver un Cortijo, perteneciente al Rey […] Sus viñedos son de las cepas mejor escojidas[…] Todos los edificios son de un estilo perfecto, y están ejecutados no solamente de la manera mas sólida, sino con mucho gusto […] el cortijo esta rodeado de una tapia en parapeto con empalizadas y rodeado por un parque que contiene animales salvajes”.
Por su parte Álvarez de Quindós describió las obras de la siguiente manera: “Rodeada de un paisajismo rural, con unos espacios ordenados mediante calles arboladas de tilos, moreras, fresnos […] formándose una posesión grandiosa y de gusto, digna de gran monarca que la estableció”.
El Conde de Cobarrus escribió una carta a Godoy en 1795, diciendo: “No es increíble lo que me alegré algunos años ha el proyecto de hacer un cortijo Real en Aranjuez…”.
También merece la pena destacar un dato extraído de la Contaduría Mayor: “un pago de 979.843 reales para obras en el R. Cortijo de S. Isidro […] En 1796. Dinero recivido a quenta de la obra del Real Cortijo”. [/b]
Siglo XIX, Desamortización
Tres años más tarde, el 28 de febrero de 1798 otorgando escritura solemne por el Gobernador habilitado por SM y Josef Noriega, apoderado del Príncipe de la Paz, ante Manuel Sánchez, escribano del Gobierno, la Monarquía volvió al Real Cortijo tras concederle Godoy los lagos de la Albufera de Valencia. Los vasallos del Rey se establecieron en las viviendas de los labradores. Durante ese alo se nombró como administrador a Manuel de Moratilla, quien se vio obligado a pedirle fondos a la Corona porque los gastos de la bodega y de los cultivos, así la imposición del impuesto especial de “cuatro maravedíes a cada cuartillo de vino, para subvenir los gastos de la guerra”, resultaban excesivos. De esta manera logró terminar las vendimias con nas producciones de alrededor de 10.000 a 14.000 arrobas. El 24 de noviembre de 1807, se incluyó en los contratos de arrendamiento una cláusula muy curiosa: “…con la obligación de tomar vino de los Cortijos y pagar cada arroba 29 reales…” con el fin de que el Cortijo se autofinanciase.
En el siglo XIX, durante el reinado de Carlos IV, se intalaron yeguadas de caballos pura sangre, y rebaños de ovejas para apurar los pastos. En verano, las avenidas arboladas se convertían en escenario para celebraciones cortesanas, como las “fiestas a caballo”.consta que los días 1 de junio de 1803 y 15 de junio de 1805 se hicieron juegos organizados por Lorenzini “el Romano”.
En 1808, España se sublevó contra el invasor francés y el Real Cortijo quedó prácticamente abandonado durante la guerra. Un intendente francés se apodero de todo el vino, aceite, grano, heno y 496 ovejas, reuniendo 52 equinos. Pero el 24 de junio de 1809 los caballos fueron sacados en secreto por los vecinos y cuidadores José Mateo, Bernardo Pilero, Manuel Bravo, Antonio Pallares y Antonio Aguilera en connivencia con el administrador Manuel de Moratilla, trasladándolos a Sevilla. Al terminar la guerra de independencia se procedió a depurar a todas las personas sospechosas de afrancesamiento o colaboración con el gobierno de José Bonaparte. Hubo trece trabajadores del Cortijo que salieron limpios de tan dura prueba.
Dos años después, el Rey Fernando VII, quien había legado al trono por la renuncia de su padre Carlos IV, ordenó disolver el Real Cortijo por los gravosos gastos que le ocasionaban a la Corona, más de 200.000 reales anuales. La finca se arrendó en octubre de 1815 a Pedro García y Pedro Somoza por 120.000 reales anuales para doce años, con la condición de que “arreglasen las tapias o cercas que cerraban el perímetro del Cortijo del Rey”, ya deteriorados por el tiempo. Éstos trajeron obreros del campo y sembraron productos d e la huerta. En 1832 volvió a alquilarse la finca, esta vez a una sociedad suiza que consiguió hacer aguardientes excepcionales en la bodega, trayendo alambiques nuevos y aparatos de laboratorio más modernos. Sin embargo, el resultado económico no alcanzó sus expectativas.
Isabel II se hizo cargo de la finca en 1843, nombrando a Manuel Jacome como administrador. Durante este periodo se construyo un establo para los bueyes y se contrató a los mejores boyeros de la zona para el amaestramiento y cuidado de los animales. Los edificios fueron remodelados. También se emplearon expertos andaluces que renovaron muchos olivos y sustituyeron varias miles de cepas envejecidos. Estos hombres se integraron a la vida del Cortijo, conviviendo con parceleros y obreros.
En 1848, Manuel Jacome precedió a arrendar tierras de labor en el Cortijo.
<<Enterada la Reina Nª Srª, de la Comunicación de VS en la que se propone la convivencia de arrendar a una sola persona o sociedad toda la posesión del Real Cortijo de San Isidro con inclusión de olivar y viñedos […] Podría en su concepto proceder al arriendo en el caso de hacerse por subasta y que se anuncie en los términos acordados en el real orden de 2 de junio. Al propio tiempo, se autoriza a VS para que el pago del precio se satisfaga en dinero>>.