A raíz del destronamiento de Isabel II en 1868 se habilitó parte de la Casa de Caballeros para acoger las oficinas de la Administración del Real Patrimonio, destinándose el resto de ésta y de los oficios a cuarteles y pabellones militares. Entre ese año y 1874 se formaron jardines en los dos grandes patios, plantando flores y árboles frutales, siguiendo un esquema geométrico el septentrional y más naturalista el meridional, con paseos diagonales se superponía otro sinuoso. También se mejoró el aspecto exterior e interior del edificio, como señalaba López y Malta, “restaurando las barandillas de las terrazas sustituyendo los antiguos vidrios por grandes y hermosos cristales en el sin número de balcones que contiene”
Hasta la Guerra Civil estas dependencias asociadas al real palacio se mantenían inalteradas, aunque durante la misma debió sufrir sus efectos, porque las fotografías inmediatamente posteriores muestran el derrumbamiento de la mayor parte de ala Norte del sector de Oficios, incluida su galería. Esta situación propició su reconstrucción a partir de 1949 con un sentido nuevo, elevando la altura de su segundo piso en el ala afectada y en la oriental, hacia la Plaza de San Antonio, y modificando la pendiente de las cubiertas, pero sin llegar a igualar con la cornisa y cumbrera de lo existente, para así respetar la idea herreriana.
Sin embargo, se demolieron los cuerpos que configuraban los patinejos Noreste y Sureste de los oficios, a beneficio de la ampliación del patio grande, lo cual alteró la primitiva simetría, y se reorganizó interiormente para destinarlo a residencias, de mayor calidad y acordes a los nuevos tiempos. Según Sancho, se trata de nuevo bloque de viviendas dentro de la antigua envoltura de los arcos herrerianos, en el que se ha perdido la “relación original de volúmenes entre el Palacio y la Casa de Oficios”. El logro positivo fue ahondar en la homogeneidad y unidad del conjunto servicial, nunca afortunadamente resuelta.
Se prolongaron las obras hasta 1959, en cuyos proyectos aparecen los nombres de los arquitectos Diego Méndez, Gaspar Robles Echenique y Ramón Anchada Pfeiffer, si bien bajo la supervisión del primero.
Más reciente es la rehabilitación de las crujías del Cuarto de Caballeros, las Note, Este y Oeste, para su conversión en oficinas de la Delegación de Hacienda y de los servicios Técnicos del ayuntamiento, y la Sur para los juzgados, interviniendo en las primeras los arquitectos Manuel del Río y Juan Hernández y en la última Javier Sánchez Bellver. Fruto de estas actuaciones ha sido el nuevo exquisito ajardinamiento del patio cuadrado por Margarita Mielgo.
Lamentablemente, el patio de Oficios no ha seguido los mismos pasos y se mantiene abandonado, en el cual sólo su fuente central, compuesta en 1749, es testigo mudo de un tiempo mejor.